Οι κτηματολογικές εγγραφές των βακουφικών ακινήτων που η διοίκηση και η διαχείρισή τους κατά νόμο ανήκει στη Διαχειριστική Επιτροπή Μουσουλμανικής Περιουσίας Κομοτηνής και που ευρίσκονται εντός των ορίων του Δημοτικού Διαμερίσματος του Δήμου Κομοτηνής έχουν αρχίσει ήδη από το έτος 1999 και έχουν ολοκληρωθεί ως επί το πλείστον. Εκκρεμούν οι αναγνωρίσεις 4 ακινήτων τα οποία έχουν εγγραφεί ως ιδιοκτησία του Δημοσίου.
Για τα βακουφικά ακίνητα που ευρίσκονται εκτός των ορίων του Δημοτικού Διαμερίσματος του Δήμου Κομοτηνής οι κτηματολογικές εγγραφές άρχισαν τον Μάρτιο του 2019 και ακολουθείται η κατά νόμο προβλεπόμενη διαδικασία.
Αναλυτικότερα, στην πρώτη περίπτωση δηλώθηκαν στο αρμόδιο Κτηματολογικό Γραφείο 116 βακουφικά ακίνητα, εκ των οποίων τα 42 είχαν καταχωρηθεί ως ιδιοκτησία των αντίστοιχων βακουφίων, τα 60 είχαν καταχωρηθεί ως ιδιοκτησία αγνώστου οπότε φερόμενος ιδιοκτήτης και το Δημόσιο, τα 6 είχαν εγγραφεί ως ιδιοκτησία τρίτων ατόμων, τα 6 έφεραν αριθμόν ΒΚ και ήτο εγγεγραμμένα εις τα βιβλία ακινήτων του Δημοσίου και τα 2 είχαν δηλωθεί και εγγραφεί ως ιδιοκτησία του Δήμου Κομοτηνής.
Για την αναγνώριση του ιδιοκτησιακού καθεστώτος των βακουφικών εγγραφών ακολουθήθηκε η δικαστική οδός και μέχρι σήμερα έχουν κατατεθεί συνολικά 43 αγωγές, επί των οποίων έχουν εκδοθεί 35 αναγνωριστικές αποφάσεις ενώ αναμένεται η έκδοση και των υπολοίπων.
Η δεύτερη περίπτωση αφορά 18 ακίνητα οι κτηματολογικές δηλώσεις των οποίων προχωρούν κανονικά.
