Η Αναγέννηση Γιαννιτσών ή η Νίκη Βόλου θα είναι ο αντίπαλος του Πανθρακικού για την τρίτη φάση του κυπέλλου Ελλάδος 2012-2013.
Αναγέννηση Γιαννιτσών και Νίκη Βόλου θα αναμετρηθούν στο πλαίσιο της δεύτερης φάσης του κυπέλλου, σε μονό παιχνίδι που θα γίνει στο γήπεδο των Γιαννιτσών.
Για να περάσουν στην επόμενη φάση οι ομάδες, η Αναγέννηση Γιαννιτσών απέκλεισε την Κασσιόπη με 1-3 στα πέναλτι (2-2 κανονικός αγώνας), η δε Νίκη Βόλου απέκλεισε τον Βατανιακό με 1-4 στα πέναλτι (0-0 κανονικός αγώνας).
Ο Πανθρακικός θα αντιμετωπίσει στην τρίτη φάση τον αντίπαλο που θα προκύψει, με το πρώτο παιχνίδι να διεξάγεται στο Δημοτικό Στάδιο Κομοτηνής. Σε περίπτωση που προκριθεί, θα αναμετρηθεί με τον αντίπαλο που θα προκύψει από το ζευγάρι του ΟΦΗ, με το πρώτο παιχνίδι να είναι εκτός έδρας.