Όλα τα είδη πτηνών γονιμοποιούνται εσωτερικά. Το αρσενικό τοποθετεί τα σπερματοζωάρια στην αμάρα του θηλυκού, από όπου κατευθύνονται προς τα ώριμα ωάρια που αναμένουν στην ωοθήκη. Τη διαδικασία της εσωτερικής γονιμοποίησης ακολουθούν όλα τα είδη ζώων που γεννούν ζωντανά μωρά ή κάνουν αυγά με προστατευτικό κέλυφος.
Η εσωτερική γονιμοποίηση είναι αναγκαία για όλα τα ζώα της ξηράς που δεν διενεργούν τη γονιμοποίηση μέσα στο νερό. Τα πουλιά έχουν τις προϋποθέσεις για δύο γεννητικά όργανα και οδούς. Στα περισσότερα όμως είδη μόνο τα όργανα της αριστερής πλευράς αναπτύσσονται ως λειτουργικά κατά την αναπαραγωγική διαδικασία. Επιπρόσθετα, τα αρσενικά πουλιά είναι γόνιμα μόνο κατά την περίοδο αναπαραγωγής.
Η γονιμοποίηση γίνεται όταν το θηλυκό δέχεται τα σπερματοζωάρια του αρσενικού στην αμάρα. Από εκεί τα σπερματοζωάρια κατευθύνονται προς τις σάλπιγγες. Μάλιστα, σε ορισμένες περιπτώσεις αναμένουν αρκετές εβδομάδες σε ειδική κοιλότητα μέχρι να απαιτηθεί η παρουσία τους για τη γονιμοποίηση στις ωοθήκες.
Τα ωάρια που έχουν γονιμοποιηθεί πέφτουν καθώς αναπτύσσεται το έμβρυο στις σάλπιγγες καταλήγοντας στη μήτρα. Εκεί το έμβρυο προστατεύεται μεταξύ άλλων με κέλυφος πλούσιο σε ασβέστιο. Λίγο καιρό μετά το θηλυκό πουλί γεννά τα αυγά που θα επωάσει ώσπου να συμπληρωθεί ο απαιτούμενος χρόνος για την εκκόλαψη.
